Repozytorium

Trends in the design of new isobaric labeling reagents for quantitative proteomics.

Autorzy

Remigiusz Bąchor

Mateusz Waliczek

Piotr Stefanowicz

Zbigniew Szewczuk

Rok wydania

2019

Czasopismo

Molecules

Numer woluminu

24

Strony

701/1-701/19

DOI

10.3390/molecules24040701

Kolekcja

Naukowa

Język

Angielski

Typ publikacji

Artykuł

Streszczenie

Modern mass spectrometry is one of the most frequently used methods of quantitative proteomics, enabling determination of the amount of peptides in a sample. Although mass spectrometry is not inherently a quantitative method due to differences in the ionization efficiency of various analytes, the application of isotope-coded labeling allows relative quantification of proteins and proteins. Over the past decade, a new method for derivatization of tryptic peptides using isobaric labels has been proposed. The labels consist of reporter and balanced groups. They have the same molecular weights and chemical properties, but differ in the distribution of stable heavy isotopes. These tags are designed in such a way that during high energy collision induced dissociation (CID) by tandem mass spectrometry, the isobaric tag is fragmented in the specific linker region, yielding reporter ions with different masses. The mass shifts among the reporter groups are compensated by the balancing groups so that the overall mass is the same for all forms of the reagent. Samples of peptides are labeled with the isobaric mass tags in parallel and combined for analysis. Quantification of individual peptides is achieved by comparing the intensity of reporter ions in the tandem mass (MS/MS) spectra. Isobaric markers have found a wide range of potential applications in proteomics. However, the currently available isobaric labeling reagents have some drawbacks, such as high cost of production, insufficient selectivity of the derivatization, and relatively limited enhancement of sensitivity of the analysis. Therefore, efforts have been devoted to the development of new isobaric markers with increased usability. The search for new isobaric markers is focused on developing a more selective method of introducing a tag into a peptide molecule, increasing the multiplexicity of markers, lowering the cost of synthesis, and increasing the sensitivity of measurement by using ionization tags containing quaternary ammonium salts. Here, the trends in the design of new isobaric labeling reagents for quantitative proteomics isobaric derivatization strategies in proteomics are reviewed, with a particular emphasis on isobaric ionization tags. The presented review focused on different types of isobaric reagents used in quantitative proteomics, their chemistry, and advantages offer by their application.

Słowa kluczowe

isobaric labeling reagents, quantitative proteomics, ESI-MS, ionization enhancers, quaternary ammonium salts

Licencja otwartego dostępu

CC-BY

Licencja na prawach której można swobodnie kopiować, rozprowadzać, zmieniać i remiksować objęty prawem autorskim utwór (Utwór-przedmiot prawa autorskiego) pod warunkiem podania imienia i nazwiska autora utworu pierwotnego oraz źródła pochodzenia utworu.

Pełny tekst licencji: https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/pl/legalcode

Adres publiczny

https://doi.org/10.3390/molecules24040701

Strona internetowa wydawcy

http://www.mdpi.com/journal/metals

Podobne publikacje
2014

Sensitive detection of charge derivatized peptides at the attomole level using nano-LC-ESI-MRM analysis.

Bąchor Remigiusz, Mielczarek Przemysław, Rudowska Magdalena, Silberring Jerzy, Szewczuk Zbigniew

2019

Isobaric duplex based on a combination of 16O/18O enzymatic exchange and labeling with pyrylium salts.

Waliczek Mateusz, Bąchor Remigiusz, Kijewska Monika, Gąszczyk Dorota, Panek-Laszczyńska Karolina, Konieczny Andrzej, Dąbrowska Krystyna, Witkiewicz Wojciech, Marek-Bukowiec Karolina, Tracz Joanna, Łuczak Magdalena, Szewczuk Zbigniew, Stefanowicz Piotr

  • 30
    Czerwiec 2020
    10:15

    Rada Dyscypliny Naukowej i Rada Wydziału 30.06.2020 ( porządek obrad)

    ZAPROSZENIE Uprzejmie zapraszam na 6. posiedzenie Rady Dyscypliny Naukowej, które odbędzie się dnia 30 czerwca 2020 r.  o  godz. 10:15   (w trybie zdalnym). Porządek obrad: I. Sprawy osobowe: Powołanie promotora rozprawy doktorskiej ...

    zdalnie
  • 18
    Czerwiec 2020
    10:15

    Posiedzenie Rady Dyscypliny Naukowej oraz Posiedzenie Rady Wydziału 18.06.2020

    Uprzejmie zapraszam na 5. posiedzenie Rady Dyscypliny Naukowej Nauki Chemiczne oraz 3. posiedzenie Rady Wydziału, które odbędą się w dniu 18 czerwca 2020 r.  (czwartek) w godzinach :  godz. 10:15  -Posiedzenie Rady Dyscypliny Naukowej   ...

    zdalnie
  • 18
    Czerwiec 2020
    10:15

    Rada Dyscypliny Naukowej i Rada Wydziału 18.06.2020 ( porządek obrad)

    ZAPROSZENIE Uprzejmie zapraszam na 5. posiedzenie Rady Dyscypliny Naukowej, które odbędzie się dnia 18 czerwca 2020 r.  o  godz. 10:15   (w trybie zdalnym). Porządek obrad: I. Sprawy osobowe: Powołanie promotora rozprawy doktorskiej ...

    zdalnie
  • 17
    Czerwiec 2020
    12:15

    WYKŁAD PRZEDHABILITACYJNY DR BARTOSZA SZYSZKO

    Dr Bartosz Szyszko  Rozbudowane porfirynoidy - makrocykliczne przełączniki i elementy konstrukcyjne układów supramolekularnych[Bartosz Szyszko - Autoreferat]Link do rozmowy na Zoom: https://zoom.us/j/99624144500 Po otwarciu linka proszę ...

    Zoom
  • 03
    Marzec 2020
    12:15

    Rada Wydziału 03.03.2020 ( porządek obrad)

    ZAPROSZENIE Uprzejmie zapraszam na 2. posiedzenie Rady Wydziału, które odbędzie się dnia 3 marca 2020 r.  o  godz. 12.15  w sali 145.   Porządek dzienny:   1. Informacje Dziekana  2. Sprawy dydaktyczne  3. Sprawy osobowe:      ...

    sala 145